在Cubes库中出现ConfigurationError("Both engine and URL specified. Use only one.")的原因是在配置数据存储时同时指定了engine和URL。解决方法是确认配置文件或代码中只使用其中一个参数，要么是引擎，要么是URL。通过示例代码中保留一个参数、删除另一个参数的方式解决问题。正确使用Cubes需根据需要选择只配置引擎或URL。